Verwijderen van de lijn biedt de grootste kans op genezing. Dit is echter niet altijd mogelijk. Bij bacteriemie met S. aureus of bij candidemie dient de lijn altijd verwijderd te worden. Bij Stenotrophomonas, Pseudomonas en Acinetobacter baumannii bacteriemie verdient het ook de voorkeur de lijn te verwijderen.  
Ook enterokokken, bacillus en corynebacterien als bron van lijn-gerelateerde bacteriëmie recidiveren erg frequent en dus is verwijderen van de lijn wenselijk.

Definitieve genezing van een infectie ter hoogte van het onderhuids getunnelde traject van de lijn noodzaakt meestal verwijderen van de lijn.

Omdat de micro-organismen die infectie van de lijn veroorzaken meestal aan de binnenkant van de lijn kleven dienen antibiotica DOOR DE LIJN te worden gegeven voor de volledige behandelingsduur. Bij gebruik van een antibiotisch lock kan hiervan worden afgeweken.

In bepaalde situaties is het gebruik van een antibiotisch lock aangewezen. Welk antibioticum in het lock wordt gebruikt hangt af van het gevonden micro-organisme. Wanneer het wenselijk is om behalve een antibioticum ook heparine aan het lock toe te voegen, dient er rekening te worden gehouden dat niet alle antibiotica met heparine gemengd kunnen worden. Zie tabel (table 9) met referenties hierover: http://cid.oxfordjournals.org/content/49/1/1/F13.expansion.html.

Voor coagulase negatieve staphylokokken werd bovendien aangetoond dat de lock concentratie minstens 5000 keer hoger moet liggen dan de MIC om biofilm sterilisatie te bekomen. Dit betekent dat een vancomycine concentratie van 5,0 mg/ml noodzakelijk is.

Omdat, in het bijzonder in het distale stuk van de catheter, er over verloop van 24-72u sterke verdunning van het antibiotisch lock plaatsvindt, dient het antibiotic lock bij voorkeur dagelijks en minimaal om de 72u te worden vervangen.

Differentiëren tussen de lijn als bron van de bacteriëmie en een ander focus is soms moeilijk. Indien nog geen antibioticum gestart werd, kan het nuttig zijn om alvorens hiermee te starten, een bloedkweek via de lijn af te nemen en op hetzelfde moment een bloedkweek via een veneuze punctie. Dit laat vaak toe het onderscheid te maken tussen een lijnensepsis en een andere bron van de bacteriemie, echter de therapeutische consequenties zijn in de praktijk vaak gering. Wanneer de lijn de bron van is van de bacteriëmie wordt de bloedkweek die via de lijn afgenomen meestal minstens 2 uur eerder positief dan de bloedkweek afgenomen via veneuze punctie. Van belang is dat in beide bloedkweken vergelijkbare hoeveelheden bloed afgenomen zijn.